紫油菜呈现紫色，是因为它的植株组织中积累了大量花青素，花青素的紫色掩盖了叶绿素本身的绿色，最终整体呈现出紫色外观。
1. 基因是决定这一性状的根本原因。紫油菜是人工选育得到的特殊油菜品种，基因组中带有能激活花青素大量合成的功能基因，能够持续指导植株细胞合成花青素，这是普通绿色油菜不具备的遗传性状。
2. 色素的积累位置和浓度决定了肉眼看到的紫色表现。紫油菜合成的花青素，大多积累在叶片表皮、叶柄表层细胞的液泡中，花青素本身显色性强、色素浓度高，完全遮盖住了叶片内部叶绿素的绿色，让整株看起来就是紫色的。
3. 环境因素会影响紫色的深浅程度。花青素的合成速率受生长环境调控，在光照充足、昼夜温差大的条件下，紫油菜合成花青素的速度更快、积累量更多，紫色会更浓郁饱满；如果长期生长在荫蔽弱光的环境中，花青素积累量减少，紫色就会变浅，部分叶片甚至会偏绿。
