人体肠道中的微生物主要分为有益菌、条件致病菌、致病菌三大类。
1. 有益菌：这是维持肠道健康的核心菌群，常见的有双歧杆菌、乳酸菌、嗜热链球菌等，正常状态下肠道中占据数量优势，不仅能分解人体无法自主消化的膳食纤维，生成对肠道黏膜有益的短链脂肪酸，还能调节肠道免疫力、挤压有害菌的生存空间，市面上常见的益生菌产品，主要添加的就是这类对人体有益的微生物。
2. 条件致病菌：这类属于肠道的正常“常住户”，常见的有大肠杆菌、肠球菌、变形杆菌等，在肠道菌群稳定、人体免疫力正常的时候，它们不会作乱，还能参与部分肠道代谢活动，可一旦乱吃抗生素、长期作息紊乱、不当饮食打乱了肠道环境，它们就会趁机大量繁殖，引发肠道感染、炎症等问题。
3. 致病菌：这类基本不属于肠道的正常常驻菌群，大多通过被污染的食物、水进入肠道，常见的有沙门氏菌、致病性痢疾杆菌、肉毒杆菌等，健康肠道的有益菌屏障能阻挡少量致病菌作乱，但如果入侵的致病菌数量较多，就会直接引发急性肠道病症，日常吃坏东西后出现的上吐下泻，大多就是这类致病菌导致的。
