胃菌群失调是多种内外因素破坏了胃部原本稳定的微生物生态平衡，导致有益菌减少、有害菌过度增殖引发的胃部微生态异常状态。
1. 饮食因素影响。长期保持高油高糖、辛辣刺激的饮食习惯，或是经常暴饮暴食、节食挑食，膳食纤维摄入不足，都会改变胃内的酸碱度和营养环境，影响原有菌群的生存结构；如果经常吃变质、不洁的食物，外来有害菌进入胃部大量繁殖，也会直接打破原有菌群平衡。
2. 药物使用不当。长期大剂量口服抗生素类药物，药物在灭杀致病菌的也会无差别损伤胃部的有益菌，直接导致菌群比例失衡；不少有胃病的人长期吃质子泵抑制剂类抑酸药，会过度降低胃内酸度，原本无法在弱酸环境繁殖的有害菌会趁机大量生长，进而引发失调。
3. 自身胃部状态与生活习惯影响。本身患有慢性胃炎、胃溃疡、胃动力障碍等胃部基础疾病的人，胃内环境已经发生改变，很难维持原有菌群的稳定状态；长期熬夜、精神压力过大、久坐不动，会影响胃的蠕动和分泌功能，间接改变胃内微环境，也会增加菌群失调的风险。
