鳝鱼在水里死亡并非水本身不适合它生存，大多是缺氧、水质异常、病害应激这几类原因导致的。
1. 缺氧窒息是最常见的死因。鳝鱼虽然耐低氧，但它需要时不时游到水面吞咽空气补充氧气，如果养殖密度过大、水体富营养化，或是水面被水生植物完全封死，鳝鱼没法到水面呼吸，就会很快缺氧死亡，夏季高温的时候这种情况尤其多发。
2. 水质有毒或严重恶化。大量残饵、鳝鱼排泄物堆积在水里发酵，会产生氨氮、亚硝酸盐等有毒物质，浓度超标后就会造成鳝鱼慢性或急性中毒；如果水体流入了农药、化肥或者生活污水，毒素会直接破坏鳝鱼的生理机能，短时间内就会引发死亡。
3. 病害感染或应激反应致死。鳝鱼本身容易感染腐皮病、肠炎等常见病，如果捕捞运输过程中刮伤了体表，放入新水体后，水里的细菌、寄生虫会很快从伤口入侵，引发全身性感染致死；另外如果换水时温差过大，或是突然改变水环境，鳝鱼会产生强烈的应激反应，造成生理紊乱，也会短时间内死在水里。
