肠道功能紊乱是由多种因素单独或者共同作用引发的，饮食不当、情绪异常、肠道菌群失衡、药物刺激都是最常见的诱发原因。
1. 长期不良饮食习惯是最普遍的诱因，很多人三餐不定时，要么饿肚子要么暴饮暴食，平时还总吃生冷辛辣、高油高脂的刺激性食物，或是为了减肥过度节食，这些行为都会持续打乱肠道正常的消化、蠕动节奏，慢慢就会引发功能紊乱；哪怕是短期突然更换生活环境、调整饮食结构，也可能因为肠道不适应出现一过性的紊乱。
2. 情绪和精神状态的影响很容易被忽略，现在不少人长期处于高压、焦虑、抑郁的状态里，或是突然遭遇重大的情绪刺激，比如连续熬夜失眠、经历重大变故，都会通过脑肠轴影响肠道的正常运作，不少人一紧张就腹痛拉肚子就是这个道理，长期的负面情绪还会让肠道紊乱反复发作、难以好转。
3. 肠道菌群失衡和外部药物刺激也会诱发紊乱，比如长期滥用抗生素，会无差别杀死肠道内的有益菌，直接打破菌群的平衡状态；长期吃刺激性泻药、部分对肠道有影响的药物，也会损伤肠道的正常功能；另外本身有慢性肠道炎症、其他消化系统基础病的人，也更容易继发肠道功能紊乱。
