目前还无法确定肠道菌群具体有多少种。根据研究人员的估计，肠道菌群中可能存在数千种不同的细菌物种，其中大部分是未被发现或未被描述的。不同人群的肠道菌群组成也存在差异，具体种类数量也可能有所不同。
合格活性纳豆菌产品中，1克所含的活性纳豆菌数量通常在10亿到1000亿之间，具体数值受产品配方、加工工艺影响差异较大。普通家庭自制纳豆用的商用发酵菌剂，大多会添加淀粉、葡萄糖等赋形剂方便保存和分装，这类产品每克的活性菌数大多在10亿到100亿区间。
