有益菌比如在腌菜的过程中，或者发面的过程中，都会有变色的可能。特别是活性有益菌，在溶于水中后，随着发酵会有变色。也有的益生菌在食用过程中发酵产生有机酸或者生物镁，跟其他的食物接触，比如花青素也会变成玫红色。
水果和蔬菜等植物中是有益生元的存在，但是水果中不含益生菌活菌。如果是有益菌的制品也不是从水果中提出的。果蔬中可以提出益生元，促进益生菌的生长，食用益生元也可以促进肠道内有益菌增殖速度加快，数量增加。
