肠道菌群的数量是非常大的，估计在数十万亿到数千万亿的数量级。这是由于肠道菌群是由数百到上千种不同类型的细菌组成的，每种细菌的数量都可能达到数亿个。具体的数量会因个体差异、饮食习惯、环境条件等因素而有所不同。
目前临床上并没有统一标准能明确界定肠道益生菌缺乏多少，不同个体的肠道菌群基线差异极大，只能辅助判断是否存在益生菌失衡。
